Die Gründung des Ortes Klaffer geht zurück in das 13. Jahrhundert. In dieser Zeit gehörte das Gebiet zur Herrschaft Falkenstein. Die Falkensteiner waren Ministerialen (Dienstleute) des Bischofs von Passau. Da das Geschlecht der Falkensteiner männlicherseits zwischen 1200 und 1250 ausgestorben sein dürfte, kam das Erbe der Falkensteiner und damit auch das Gebiet des heutigen Klaffers durch Heirat an das altböhmische Adelsgeschlecht der Witigonen.
Im Jahre 1264 schenkte der Witigone Budiwoy von Skalitz (=Rosenberg) dem Kloster Schlägl das Gebiet zwischen Schindlau und dem Klafferbach, welcher "Chlaffundez wazzer" genannt wurde.
Der Ort Klaffer selbst dürfte noch nicht bestanden haben und gehörte auch nicht zum Gebiet, das die Schenkung umfasste. Das Gebiet, auf dem später Klaffer entstehen sollte, war damals noch immer Teil der großen Herrschaft Falkenstein, im Besitz des Witigonen Zawisch von Falkenstein.
Im Jahre 1289 wurde die Herrschaft Falkenstein von den Habsburgern erobert und der Besitzer Zawisch von Falkenstein hingerichtet. Somit gelangte auch das Gebiet von Klaffer an die Habsburger.
Um 1300 dürfte dann auch der Ort entstanden sein, eine genaue Angabe läßt sich aber nicht machen. Urkundlich erwähnt wurden die Orte Klaffer und Freundorf erstmals im Jahr 1396 in einem Kaufvertrag. Da die Habsburger 1331 beim Kauf der Stammgüter der Grafen von Wallsee in Schwaben diese nicht gänzlich bezahlen konnten, verpfändeten sie diesen die Herrschaft Falkenstein, wozu auch Klaffer gehörte.
Im Jahre 1435 schließlich lösten die Habsburger die Pfandschaft ein und erhielten die Herrschaft Falkenstein zurück. Klaffer jedoch blieb in den Händen der Wallseer. Ungeklärt ist, auf welche Weise Klaffer dann in den Besitz des südsteirischen Adelsgeschlechtes der Prüschenk gelangte. Da es sich aber um einen isolierten Besitz der Prüschenk handelte, verkaufte Graf Hans Hardegg schließlich die Dörfer Klaffer und Freundorf im Jahr 1522 an das Kloster Schlägl.
Vom Kloster Schlägl wurden Pfaffetschlag in der Mitte des 15. Jahrhunderts und Holzschlag in der Mitte des 18. Jahrhunderts angelegt. Um die Jahrhundertwende des 17. zum 18. Jahrhunderts entstand auch Vorderanger. Der Ort Panidorf verdank seinem Namen seinem Gründer Josef Pani, Hofgerichtsschreiber zu Schlägl, welcher ab 1827 die ersten Häuser erbauen ließ. Die jüngste Ortschaft der Gemeinde Klaffer ist Schönberg, welches erst im 19. Jahrhundert entstand.
Nach der Auflösung der Grundherrschaften in der Mitte des 19. Jahrhunderts wurde Klaffer eine politische Gemeinde. Unter dem Nationalsozialistischen Regime wurde die Gemeinde vorübergehend an Ulrichsberg angegliedert, am 01.10.1946 aber wieder selbständig. Eine eigene Pfarre wurde Klaffer im Jahre 1958.
In der jüngsten Vergangenheit wurde gerade die Infrastruktur ständig verbessert, und vor allem der Tourismus nahm in den letzten Jahren eine überaus erfreuliche Entwicklung.
Auch ein reichliches Sport- und Freizeitangebot mit einem sehr aktiven Vereinsleben zeichnet den Ort aus.
